Skipper, Kowalski, Rico y Private forman un comando de élite con una base de operaciones secreta instalada en el Zoo de Nueva York. Al menos así es como los describiría Skipper. Para quienes no les conozcan, serían sólo cuatro monísimos pingüinos viviendo tranquilamente en su jaula. Pero no importa, los pingüinos están demasiados ocupados manteniendo el orden entre los animales como para preocuparse de lo que piensan los humanos. Lo único que puede interferir en sus planes es el excéntrico Rey Julien. Este loco de la fiesta y autoproclamado “Rey de los Lemures” acaba de llegar al Zoo y está deseando animar el ambiente un poco.